未来世界，感染了X病毒的恶魔党携带威力强大的赤盾出现在地球各个角落。仅仅是七天的时间，地球一半的领土便宣告陷落。人们流离失所，躲在最后的保留地苟延残喘。国际科学技术厅（ISO）的南部博士（岸谷五朗饰）发现一种神秘的石头可以赋予特定人群以强大的力量，而力量提升后的超级兵士正是阻挡恶魔党的不贰人选。在此之后，鹫尾健（松坂桃李饰）、大月纯（刚力彩芽饰）、大月甚平（滨田龙臣饰）和中西龙（铃木良平饰）等人得到ISO的发掘，经过连番常人不行思议的特训，他们成长为对抗恶魔党的科学忍者队兵士。某次战斗后，健的老友浅仓乔治（绫野刚饰）加入进来，他们奉命去庇护恶魔党逃亡过来的头目伊利亚（中村狮童饰），以期获取LastSuicide计划的详情。面对这个有着深仇大恨的敌人，健和乔治的内心暗暗发生着变化……