神盾局沦陷后，寇森在尼克·弗瑞的允许下开始重建组织、收拾残局，而除了招募新人，最重要的事情就是必需创建起与政府机构的信任桥梁。同时，寇森领队，在世界各地全力搜查“九头蛇”余党的踪迹，而昔日的伙伴如今沦为变节者的沃德则成为了他们唯一的线索。寇森感觉本身当初复活期间所产生的“副作用”时不时会涌上心头，也发觉本身的自控能力越来越差，死命刻墙图、甚至为了查明本相而派队员去送死，屡次让神盾局陷入更大的危机。更吃惊的是，斯凯失散多年的父亲突然回归，并在身后也有一个从古到今毫无任何人见过的“异人”组成的联盟。斯凯因此再度为本身的身世产生疑问，也陷入选择家人还是伙伴的摆布为难的局面。